左看右看都不像人類的章魚型謎樣生物,已經把月球破壞七成,並揚言要在一年後的3月,將地球也破壞殆盡。不過謎樣生物卻主動向政府要求,想擔任升學名校「椚丘中學」放牛班3年E班的班導師。受國家委託,E班學生接下暗殺謎樣生物──這個能以20馬赫超速度行動、被學生們稱作「殺老師」的機密任務。第二學期到來,暗殺時間只剩半年。正當混亂的學園祭結束,E班好不容易獲得片刻寧靜之際,某位殺手竟在他們面前露出真面目,並將隱藏已久的黑色觸手伸向殺老師,讓潮田渚(山田涼介 飾)等E班學生大受衝擊。此時,殺老師也娓娓道出自己不為人知而令人驚愕的過去……。分崩離析的E班,到底該對殺老師選擇「暗殺」還是「救贖」?另一方面,「殺老師最終暗殺作戰」也即將展開,隨著破壞時間分秒逼近,地球的命運將會如何?潮田渚和其他同學們,又能平安地迎接畢業典禮嗎?