故事接續在《美國隊長3：英雄內戰》之後，史考特朗恩因為參與了內戰被抓，帶上電子腳鐐，居家監禁，在父親和蟻人兩個角色中左支右絀。眼看刑期終於快服滿，還剩三天就能完成服刑，但他卻突然與迷失在分子世界量子領域的初代黃蜂女有了聯繫，皮姆博士和荷普逃亡中也開發了全新儀器，試圖尋找初代黃蜂女。史考特不得不再次穿上蟻人裝束，打擊黑暗勢力之餘，還要學習如何與搭檔一起出任務。
