皇歷2017年。神聖不列顛尼亞帝國佔領了日本。日本改名為「11區」,日本人則被稱為11。被剝奪了國名與自由後就這樣過了7年的歲月。
神聖不列顛尼亞帝國王子魯路修以人質的身分被送來日本,他隱瞞了自己的真實身分,過著普通學生的生活。某天,他偶然地被捲入反抗組織和神聖不列顛尼亞帝國的戰鬥,在那裡他與神祕少女C.C相遇,並從她身上得到名為Geass的絕對遵守之力,此後魯路修以戴假面的反叛者Zero身分,率領著反抗神聖不列顛尼亞帝國的反抗組織黑色騎士團,在暗中開始活躍。
另一方面,和他一同長大的青梅竹馬朱雀,雖身為11,卻以榮譽不列顛尼亞人的身分加入神聖不列顛尼亞帝國軍隊。後來被提拔為新型兵器蘭斯洛特的駕駛員,成為神聖不列顛尼亞帝國軍隊的重要人物。
Zero與朱雀,在不知道對方身分立場的情況下重逢。反叛的意圖,與友情相撞的兩難情境。現在,命運的齒輪即將轉動。